Когда делаешь
freebsd-update fetch freebsd-update install , у тебя заодно обновляется ЯДРО до последней ревизии.
Само собой, новое ядро GENERIC и оно заменяет то, что ты собрал под себя.
Добавь в
/boot/loader.conf такое:
pf_load="YES"
dummynet_load="YES"
ng_netflow_load="YES"
ng_socket_load="YES"
ng_ksocket_load="YES"
ng_ipfw_load="YES"
Это загружает модули ипфв, пф и нг (для экспорта нетфлов)
п.с ну .. или собери ядро заново )))