Вот решил поделится с теми, у кого лайти патчиком mod_cgi.
Суть патча в том, что в server.errorlog будет писаться ошибки выполнения скрипта.
--- src/mod_cgi.c.old 2011-05-29 13:09:41.000000000 +0300
+++ src/mod_cgi.c 2011-05-29 10:51:46.000000000 +0300
@@ -1031,6 +1031,7 @@
if (i != srv->errorlog_fd) close(i);
}
+ dup2(srv->errorlog_fd,STDERR_FILENO);
/* exec the cgi */
execve(args[0], args, env.ptr);