Можно немного конкретнее какой файл и какие строчки ?
cfg/mikrotik1.cfg.pm или как он у тебя зовется
а в нем
$do_not_use_shape = 0; # 1 - если не нужно шейпить клиентов
выстави в 1 и simple-queues перестанут создаваться
но нужно перезапустить модуль микротика, затем вручную на микротике удалить все simple-queues